经过各方斡旋，陈琪美勉强坐上了上海都督的位置，由马汉龙当任任军务部长一职，钮永建为司令部部长，黄郛由于掏枪大闹会场，什么都没捞着，李平书为民政总长，伍廷芳为外交总长，陈晖祖为财政总长，王一亭为交通部长。
马汉龙当上军务部长之后，立即对上海所有部队进行整编，将光复会策反过来的清军两千多人整编成一个师，任命李燮和为团长兼任吴淞司令立即前往南京参加江浙联军，又将上海武装商团整编成一个师，任命李英石为师长长，并命他率部前往参加江浙联军准备北伐。又命刘福彪等人组织青帮人员，一共凑出三千余人，编成一个师，下辖三个团，任命同盟会成员张承槱当任师长率部北上参加江浙联军准备北伐，黄郛、刘福彪和蒋志清等分别当任团长。
马汉龙这样做也是为了妥协，毕竟在浙江光复时，同盟会方面没有捞到什么油水，蒋志清等人窝着一肚子火，陈琪美也多次向铁血救国党表示了不满，这也是为了平衡各方面的关系。
除了这三个师要北上参加江浙联军之外，马汉龙还以振华公司护卫队四千多人为基础编练出两个师，分别为沪军第一师和第二师，不足的兵员在上海滩进行招募。听说军政府为革命要招兵北上北伐，各界有志青年纷纷报名参加，就连公共租界和法租界的大部分华人巡捕们听到这个消息都跑到华界来报名。
就因为马汉龙在上海滩招兵，眼看着公共租界和法租界的华人巡捕们几乎要跑光了，这可让公共租界和法租界当局极为不满，没有了华人巡捕，两个租界的巡捕房根本就玩不转，公共租界警务处和法租界警务处不得不将事情报上去让上头出面，事情最后闹到了英国驻沪总领事法磊士那里，法磊士立即出面找上海军政府都督陈琪美进行协商，陈琪美不想得罪洋人，只能让马汉龙停止招收华捕，马汉龙表示他可不能阻止那些华捕报名，他们都是自愿的，而且革命热情很高，他作为招兵的最高军官当然不能这么干。
陈琪美命令不了马汉龙极为恼火，这让他在法磊士面前颜面无存，他想到马汉龙是铁血救国党的人，是萧震雷的手下，于是立即给萧震雷发去一封电报说明情况。
萧震雷接到电报后考虑到现在国内的革命才刚刚开始，还不能与洋人翻脸，很快就回了一封电报，指示已经招进来的巡捕就算了，接到电报时算起，以后不再招收租界巡捕当兵，这才避免了租界巡捕房变成空的命运，同时还提出要租界当局保持中立，不能帮助清廷方面，最后催促上海军政府尽快排出军队北上支援北伐。
拿到电报之后的陈琪美立即将马汉龙找来，将电报给他，让找照指示办事，有了萧震雷的指示，马汉龙才下令停止招收华人巡捕，并命令李燮和、李英石和张承槱立即分别率领第三、第四、第五师开赴南京参与进攻南京的战役。
上海这边的革命热热闹闹的，苏州这边也没有闲着，江苏军政府成立之后杂事繁多，萧震雷将一些不太重要的政事交给程德全和铁血救国党在苏州的成员们处理，他在掌握全局的同时又抽出时间将手下军队进行重新整编，进行一轮疯狂扩军。
新军第二十三混成协直接改编成了江苏第一军，刘之洁任军长，下辖两个师、一个炮兵旅、一个骑兵旅，第四十五标编成第一师，师长朱熙，参谋长兼政治委员的石堪，第四十六标改编成第二师，师长陈继祖，政治委员兼参谋长蒋正英。炮兵旅由原炮兵营改编，骑兵旅由原骑兵营改编，主要指挥官基本不变，这些军队缺员的部分面向社会招兵，而且要以最快的速度招齐全。
同时将秘密招募的第四十镇两万余人改编成了第二军，军长由伍世友当任，下辖第三师和第四师，这两个师的兵员和装备反而是最齐全的，改编完成之后基本上至缺很少的兵员了，在抵达南京外围的这几天时间里就已经招募满员，全军一共两万五千六百人。
除此之外，萧震雷又将江苏各地投降和俘虏的那些巡防营清军进行整编，编成一个师，师长余汉良，参谋长兼政治委员安延年，是为江苏第五师。
除去沪军第三师是光复会人李燮和领导的，沪军第五师是同盟会张承槱领导的，这两个师一共六千余人都不是萧震雷的嫡系，关键时刻肯定指挥不动，不能算在铁血救国党的军队当中，萧震雷自己算了算自己手中的能够指挥得动的军队：江西方面有四个师，浙江方面有五个师和一个混成旅，江苏这边有五个师，一共有十四个师和一个混成旅，现在这些部队除了用巡防营改编的江西第四师、江苏第五师和浙江混成协都是满员之外，其他主力部队都还不满员，不够只要有三个月以上的时间就可以招募满员，这一点萧震雷倒是不担心。
徐绍桢在南京的起义失败后，率残部退往镇江，让沈同武和孙铭等人收拢部队，他亲自前往苏州和萧震雷见面。对自己的仓促起事悔恨交加，他决定卸去兵权，来到苏州之后见了萧震雷就说：“惭愧，我上了张人骏和铁良、张勋的当，又仓促起事，指挥不当才造成了部队一败涂地，如果不是撤退得快，南洋第九镇就完了，事已至此，还请寰宇率兵北上支援，另外我第九镇缺少弹药，还往寰宇能够拨付一些，我部愿意接受你的指挥和整编！”
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