也不知道是年轻气盛，还是有曾国藩帮忙遮风挡雨太过顺风顺水，让性格张扬的曾国荃招惹是非，给自己和大哥曾国藩引来不少麻烦。
“吉字营”收复南京的战功固然显赫，但在这一辉煌战果的后面却隐藏着一桩巨大的政治错误。曾国荃作为扑灭太平天国的第一号功臣，却并没有获得李鸿章后来那样的超然地位，这厮差点就淹没在晚清的历史当中。
具有讽刺意味的是，当曾国荃九死一生攻陷“天京”连夜向朝廷报捷期望得到重赏时，却等来了截然相反的结果，朝廷首先严厉指责他在破城当晚，返回雨花台大本营，造成了幼天王洪天贵福和干王洪仁玕，以及数千名千太平军将士突围的严重后果。
随后又严查天京各王府内金银财宝的下落，毫不留情地点了曾氏兄弟的大名：“曾国藩以儒臣从戎，历年最久，战功最多，自能慎终如始，永保勋名。惟所部诸将，自曾国荃以下，均应由该大臣随时申儆，勿使骤胜而骄，庶可长承恩眷”。
如此曾国荃一夜之间从“头号功臣”变为了“朝廷罪臣”，攻克南京不仅没有得到重赏，反而面临一场政治灾难，这是曾国荃万万没有想到的，他在湘军觥筹交错的胜利眩晕之中给自己招惹了一场严重的政治危机，搞不好是会死人的。
朝廷的谕旨实际上已暗藏杀机，因为鸟尽弓藏、兔死狗烹是中国的政治传统，它在提醒曾氏兄弟，如不能识时务急流勇退，不但“勋名”难保，“长承恩眷”也难以为继。
至此，功勋卓著的湘军只能面临迅速被裁撤和肢解的命运。曾国荃当初如果听从曾国藩的安排，去“协防”上海，把“克复天京”的“头功”让给刘长佑或者李鸿章，曾国荃和湘军的命运可能会是另一番景象。
当初具有全局观念和政治远见的曾国藩，一度想派遣曾国荃率湘军精锐去“防卫上海”，可惜传统思想根深蒂固的曾国荃邀功心切，认为“克复天京”才是“头功”，拒绝开赴上海。
曾国藩只得改派李鸿章率淮军去完成这一战略重任，李鸿章不愧是曾国藩的衣钵传人，他心领神会顺应时势，率部出征旗开得胜，此举为李鸿章日后迅速崛起奠定了坚不可摧的政治基础，不久就担任江苏巡抚成为湘军系统中政治地位仅次于曾国藩的封疆大吏。
而这个历史机遇本来是属于曾国荃的，短视的曾国荃却让湖湘文化失去了一次捞取政治资本的绝好机会，而曾国藩的用人尺度太开，没有控制好这根政治松紧带的弹性，也是一个明显的失误。
从这个意义上说，蒙昧着曾国荃恰恰成就了李鸿章后来的辉煌，而他身上留下的政治伤疤需要不知多长时间才能愈合，搞不好以后可能再无翻身机会，这样的事可不是开玩笑的，曾国荃这次的跟头栽得可不轻。
在与手下将校的通气会上，吴可将这些明的暗的以及自己心中所想，统统跟手下小弟说了一遍，为了就是让小弟们吸取教训不要被一时的繁华盛景所迷惑。
“不要看眼下曾氏兄弟风光无限，其实却是危机重重！”他满脸严肃说道：“一有不慎，朝廷可能会不顾一切对湘军动手！”
尽管之后从两江方面传来消息，据奏闻中枢本着“逆掳金银，朝廷本不必利其所有”的高姿态，不再询问。也就是说朝廷不知为何隐下对收复金陵缴获的追究，不过想来曾国藩肯定付出不菲代价。
私底下舆论则称“江宁资货尽入（曾国荃）军中”；而争议洪天贵福下落及逃出太平军的实际数目，又引发沈葆桢与刘长佑等太平军干将攻击曾氏兄弟；宿将功臣如彭玉麟、鲍超，纷纷告退，“人辄疑与国荃不和”。
“看看，看看，这才过了多长时间，湘军内部就因分赃不匀出现这么大事故，要是处理不好湘军以后还能维持住一个整体？”
吴可这次算是盯死两江以及曾国藩，不断拿靶子一样的湘军出现的各种状况给手下小弟上课，让他们明白政治，斗争的残酷和惨烈，还有朝廷的翻脸无情以及狠辣手段，告戒他们不可放松警惕重蹈覆辙。
当然，收复金陵并不表示太平军已全军覆没，其余地区的太平军参与武装，依旧奋力与清军（主要是巷军和淮军）作战。
同治三年6月13日（五月十日），杨辅清的太平军在荻港大举进攻湘军蔡元吉所部，战斗十分激烈双方处于想持状态一时谁也难以取得胜利。
6月27日，淮军在李鸿章的率领下再次取得大胜，一举攻克长兴太平军不得不退守四安梅溪军营，在淮军咄咄逼人的攻势面前士气低落艰难抵抗。
7月6日（六月三日），刘璈等部抵达孝丰，太平军没料到湘军突然到来，凭城抵抗形势十分危急。第二日湘军便攻克孝丰，留下部队驻守，蔡元吉所部深入再接再厉挺进东埠。
7月11日（六月八日），湖州太平军包围蔡元吉部军营，派劲旅绕到思溪和双福桥断绝湘军主力与突出部的运饷道路。之后湘军蒋益澧所部在思溪结扎浮桥沟通蔡元吉所部，不料所部过桥到中流时被太平军攻击，伤亡数百人不得不无奈后撤自保。
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