按照后世的医学院产学研一体的办学模式，此医学院也仿照南苑武学院建制，首任山长即为万全万密斋。朱翊钧在西苑西北角里面砌了一道宫墙，再把原来的宫墙上开了一个大门，即把已经荒废掉的小校场从西苑割了出去，作为医学院的校址。
同时，朱翊钧还在新砌的宫墙上开了个小门，作为医学院的后门。如此一来，此后他若身体有恙，打开这小门就能立即组织大规模会诊。尽管这可能让太医院的太医们感到心里不太舒服，但已经当了快两年皇帝的朱翊钧，此时哪里能照顾到他们的想法。
医学院的设立，从体制到机制和后世的大学并无不同。在朱翊钧和万密斋等人交流之后，医学院将设立医学系、护理系、药学系等大系，下设内科学、外科学、妇科学、儿科学、传染病学、药学、病理学等专科。
南苑武学院建立时，朝廷尚有些杂音不同，这京师医学院的设立，满朝廷全是称颂之声。朱翊钧在领教了言官的驰名双标之余，当然也要撩闲刺激他们一下，经过与陈实功商量，在医学院内还设立解剖学——从事人体解剖研究。
让朱翊钧更没想到的是，这在京师百姓中引出好多版本恐怖故事的新学科，却仍未引起御史、言官的任何反弹。
朱翊钧这才知道，这些所谓“秉正道而行，养浩然之气”的老兄们，在涉及到他们自身生命安全的事情上，驰名双标早已突破了大明朝的天际。
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